Jones i współpracownicy stwierdzili, że twory te są bardzo podobne do piór współczesnych ptaków i prawdopodobnie z nimi homologiczne, ocenili jednak, że stopień pokrewieństwa pomiędzy longiskwamą a ptakami pozostaje nieznany. David Unwin i Michael J. Benton (2001) oraz Robert Reisz i Hans-Dieter Sues (2000) stwierdzili jednak, że struktury interpretowane przez Jonesa i współpracowników jako „nieptasie pióra” są w rzeczywistości w wielu aspektach całkowicie odmienne od piór ptaków. Unwin i Benton odrzucili hipotezę o przynależności longiskwamy do archozaurów, a wraz z Alifanowem stwierdzili, że teorię mówiącą, iż Longisquama jest przodkiem ptaków należy odrzucić ze względu na brak dowodów na jej poparcie. Analiza filogenetyczna przeprowadzona w 2004 roku przez Phila Sentera sugeruje, że Longisquama nie tylko nie należy do archozaurów, lecz jest bazalnym przedstawicielem diapsydów, przypuszczalnie należącym do grupy Avicephala. Badania Sebastiana Voigta i współpracowników z 2009 roku nie wspierają kategoryzowania wydłużonych tworów na grzbiecie longiskwamy ani jako piór, ani jako łusek. Voigt i in.