Dzięki profesorowi otrzymał również temat swojej pierwszej pracy naukowej, którą ukończył w 1908 r., a od 1909 kontynuował je na Uniwersytecie Lwowskim (1910 doktorat z botaniki). 1911–1912 studia z zakresu gleboznawstwa i dendrologii na Uniwersytecie w Monachium i w Wiedniu. Od 1912 r. wykładał w Wyższej Szkole Lasowej we Lwowie. W 1914 r. wstąpił jako podoficer do polskiego Legionu Wschodniego, po odmowie złożenia przysięgi cesarzowi zdegradowany i wcielony do armii austriackiej. W dniu 18 marca 1919 roku poślubił Janinę Jentys – wolontariuszkę w Instytucie Botanicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Mieli troje dzieci: Tadeusza (ur. 1920, profesor architektury), Annę (ur. 1921, polonistka, malarka i graficzka), oraz Stanisława (ur. 1923).
Od 1917 do 1960 r. wykładowca na Uniwersytecie Jagiellońskim, od 1920 profesor zwyczajny. Od 1936 do 1938 r. rektor UJ (wybrany ponownie w maju 1938, potwierdził swoją rezygnację i wyboru nie przyjął). Od 1920 r. był członkiem korespondentem, a od 1925 – członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności; w latach 1946–1952 – wiceprezesem PAU; dyrektor Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego PAU w latach 1945–1952.