Upamiętnienie Na cześć W. Szafera utworzono ok. 20 naukowych nazw roślin (zarówno współczesnych, jak i kopalnych), m.in. Callipteris szaferi Czarn. et Sams., Cryptomonas szaferi Czosnowski, Larix szaferi Domian, Nymphaea szaferi Knobloch. Jego nazwiskiem nazwano kilka obiektów geograficznych, m.in. Grań Szafera i Lodospad Szafera nad Zatoką Admiralicji (Wyspa Króla Jerzego, Archipelag Szetlandów Południowych, Antarktyka), kilka rezerwatów przyrody, m.in. rezerwat leśny Buczyna w Cyrance na Płaskowyżu Kolbuszowskim, rezerwat krajobrazowy w gminach Hajnówka i Białowieża, rezerwat a później obszar ochrony ścisłej w Wolińskim Parku Narodowym, ścieżki przyrodnicze w Babiogórskim Parku Narodowym i w Rzeszowie. Od 1986 r. jego imię nosi Instytut Botaniki PAN w Krakowie. Od 1989 r. Polskie Towarzystwo Botaniczne nadaje medal im. Władysława Szafera autorom prac opublikowanych z zakresu botaniki odznaczających się wybitną wartością. Od roku 1995 pomnik przyrody – dąb w Potulicach nosi imię Dąb im. Władysława Szafera. Profesor Szafer jest patronem Muzeum Ojcowskiego Parku Narodowego w Ojcowie
Imieniem profesora Szafera ochrzczono w 1977 r.