Nie wiadomo czy cmentarz od samego początku miał obecne granice i wielkość, czy też, podobnie jak w Lesku, stopniowo dokupywano nowe grunty i powiększano cmentarz. Sama nekropolia służyła nie tylko mieszkańcom Baligrodu, ale i okolicznych wsi podlegających tutejszemu kahałowi. Najstarsze nagrobki znajdują się w najniżej położonej części cmentarza.
Podczas II wojny światowej Niemcy wywieźli dużą liczbę macew z cmentarza i wybrukowali nimi baligrodzki rynek. Po wywiezieniu w lecie 1942 miejscowych Żydów do obozu w Zasławiu na cmentarzu okazjonalnie rozstrzeliwano ukrywających się w okolicy Żydów i pomagających im Polaków. Dokładna liczba egzekucji i zabitych nie jest znana.
W związku z powyższym data ostatniego pochówku nie jest jasna. Cmentarz z pewnością był wykorzystywany do lata 1942, lecz nie można określić dokładnej daty ostatniego pochówku.