Podczas drugiej wojny światowej rozpoczęła się dewastacja cmentarza. W 1943 r. nagrobki wywoziła firma Brunona Klose z Gdyni. Część z nich zakupił Edward K., prowadzący zakład kamieniarski w Gdyni.
W okresie powojennym na cmentarzu znajdowała się znaczna liczba macew, które były stopniowo kradzione lub rozbijane. Część cmentarza zajęła, ogrodziła i zabudowała parafia rzymsko-katolicka pw. Najświętszej Maryi Panny Matki Kościoła.
W 1984 r. Towarzystwo Miłośników Ziemi Kociewskiej zamierzało podjąć działania na rzecz upamiętnienia cmentarza. Przygotowany przez Towarzystwo projekt pomnika nie został jednak zaakceptowany. 2 lutego 1985 r. cmentarz wraz z prowadzącą do niego aleją lipową został wpisany do rejestru zabytków nieruchomych województwa gdańskiego pod numerem 928.
W piśmie Gdańskiego Ośrodka Dokumentacji Zabytków z 12 maja 1987 r. stwierdzono: „nekropolia jest dewastowana mimo kilkakrotnych pism do Naczelnika Miasta”. W tym okresie widoczne jeszcze były fundamenty zburzonego domu przedpogrzebowego oraz relikty ogrodzenia z cegły.