W lipcu 1997 Jarnołtówek nawiedziła kolejna wielka powódź. 7 lipca ewakuowano ok. 150–200 dzieci z zagrożonego zalaniem ośrodka „Eden”. 8 lipca na tamie w Jarnołtówku odnotowano stan wody na poziomie 13,7 m. Kilka godzin później poziom osiągnął punkt krytyczny 13,99 m, do przelania brakowało zaledwie 12 cm. Zapora uchroniła Jarnołtówek i poniżej leżące miejscowości przed katastrofalnym zatopieniem, jednak nie dało się całkowicie uniknąć strat powodziowych. Wody Złotego Potoku zabrały całkowicie lub znacznie uszkodziły pięć budynków mieszkalnych, zalanych zostało osiem gospodarstw i zerwane dwa mostki. W tym samym roku Jarnołtówek przystąpił do Programu Odnowy Wsi Opolskiej.
Po reformie administracyjnej w 1999 mieszkańcy Jarnołtówka zaczęli starać się o odłączenie wsi od gminy Głuchołazy i przyłączenie do gminy Prudnik, jako powody podając względy geograficzne, funkcjonalne i gospodarcze. W marcu 2001 sporządzono pełną dokumentację z Pokrzywnej i Jarnołtówka w sprawie przejścia do gminy Prudnik. Z Pokrzywnej, na 115 głosujących, 112 było za Prudnikiem, natomiast w Jarnołtówku 404 osoby opowiedziały się za Prudnikiem, 10 było przeciw, a 5 nie zajęło stanowiska. Spotkano się wówczas z unieważnieniem wyników przez burmistrza Głuchołaz.