W ICTER funkcjonuje pięć grup badawczych: Grupa Optyki Fizycznej i Biofotoniki (POB) Grupa Zintegrowanej Biologii Strukturalnej (ISB) Grupa Obrazowania i Technologii Okulistycznych (IDoc) Grupa Biologii Oka (OBi) Grupa Genomiki Obliczeniowej (CGG)
Komercjalizacja Z prowadzonych przez Instytut prac zrodziło się pięć firm, działających głównie w obszarze diagnostyki medycznej:
Spółka Scope Fluidics została założona w 2010 roku jako pierwszy spin-off Instytutu Chemii Fizycznej PAN. Celem powstania spółki była komercjalizacja technologii mikroprzepływowych opracowywanych w Instytucie. Od początku swojego istnienia spółka specjalizuje się w tworzeniu innowacyjnych rozwiązań na potrzeby diagnostyki medycznej. SERSitive - producent podłoży SERS dla szerokiego zakresu nauk analitycznych, takich jak farmacja, laboratoria kryminalistyczne, laboratoria straży granicznej, medycyna. Siliquan - producent fluorescencyjnych nanomateriałów krzemionkowych. Cell-IN oferuje odczynnik umożliwiający wprowadzenie różnego typu makromolekuł (od polimerów i białek po cząsteczki DNA) do wnętrza komórek. InCellVu opracowuje kliniczną postać prototypu urządzenia do obrazowania siatkówki oka