Na ścianach prezbiterium znajdują się pochodzące z 1665 roku portrety fundatorów – Władysława Jagiełły i Jadwigi, a także kolekcja blach herbowych i portretów trumiennych z XVII i XVIII wieku.
W ołtarzu głównym znajduje się obraz Ostatnia Wieczerza nieznanego autora, zaś sam monumentalny ołtarz został wykonany ze sztucznego marmuru według projektu Pompeo Ferrarego, który zaprojektował również kaplicę Matki Bożej Szkaplerznej, podzieloną na dwa przęsła. Przęsło krótsze, od strony kościoła, mieści chór muzyczny z organami i balustradą o bogatej rokokowej ornamentyce, zaś większe przykrywa ukryta z zewnątrz kopuła z XVIII-wiecznymi freskami oparta na gurtach spływających na marmoryzowane pilastry. Po drugiej stronie znajduje się zakrystia z zachowanym XVIII-wiecznym wystrojem. Dekoracje sgraffitowe w kaplicy oraz witraże w oknach naw i szczytu wykonali w latach 1958–1962 Ł. i J. Oźminowie, zaś witraże w prezbiterium to projekt Stanisława Powalisza z 1950 roku.
Ze względu na swoje położenie blisko ówczesnego koryta Warty kościół był wielokrotnie zalewany.