Po kampanii wrześniowej Wielkopolska została zajęta przez III Rzeszę. Nazistowskie władze Niemiec utworzyły na jej terenie tzw. Kraj Warty. W okresie okupacji niemieckiej w ramach germanizacji okupanci przeprowadzili na terenie Wielkopolski wysiedlenie ludności polskiej oraz likwidację polskich organizacji politycznych, społecznych, gospodarczych i kulturalno- -oświatowych. 20 września 1939 namiestnik Rzeszy (niem. Reichsstatthalter) Artur Greiser wydał zarządzenie nakazujące rozwiązanie tych organizacji oraz konfiskatę ich majątku na rzecz III Rzeszy. Niemcy na mocy tego rozporządzenia skonfiskowali zbiory muzeum, które mieściło się w renesansowym pałacu obronnym w Gołuchowie, a także zbiory muzeum na zamku w Kórniku oraz zbiory zgromadzone przez Raczyńskich w pałacu w Rogalinie .