Rozprawy doktorskie dotyczyły naukowego charakteru teologii Tomasza z Akwinu oraz studiów nad Jakiem Maritainem. Po powrocie do Stanów Daly znalazła zatrudnienie jako profesor Boston College, gdzie nauczała do końca swojej kariery uniwersyteckiej, tzn. do przejścia na emeryturę w 2001 r.
Publikacje Początkowo Daly miała nadzieję na zmiany, idące ku emancypacji i docenieniu kobiet, w obrębie myśli teologicznej oraz przemiany struktur Kościoła chrześcijańskiego, a ściślej – katolickiego, do którego należała. Jej pierwsza publikacja z dziedziny teologii feministycznej to: The Church and the Second Sex (1968), która była teologiczną odpowiedzią na Drugą płeć Simone de Beauvoir. Książka zawierała konkretne propozycje odnowy Kościoła w jego odniesieniu wobec kobiet i bardzo szybko stała się popularną i kontrowersyjną publikacją. Kolejne publikacje Daly, zawsze kontrowersyjne, coraz bardziej radykalne w postulatach, uczyniły ją grande dame teologii feministycznej. Przełomowa dla rozwoju całej teologii feministycznej okazała się jej książka Beyond God the Father: Toward a Philosophy of Women’s Liberation. Z Jednej strony stanowiła podsumowanie dotychczasowych badań, również niejako rozliczenie się z wcześniejszymi nadziejami na reformę Kościoła w jego odniesieniu do kobiet.