Franciszkańscy archeolodzy – Sylvester Saller i Bellarmino Bagatti – odnaleźli na terenie sanktuarium św. Jana Chrzciciela groby z epoki brązu, żelaza i z okresu rzymskiego. Te ostatnie, typu kokhim, wskazują na to, iż miasteczko musiało być w czasach Nowego Testamentu zamieszkane przez społeczność żydowską. Obok typowych dla starożytnego judaizmu grobów kokhim odkryto również kolumbarium, oznacza to, iż w starożytnym En Kerem żyli również poganie, tzn. element zhellenizowany. Do znanych znalezisk archeologicznych należą również fragmenty marmurowych rzeźb Afrodyty i Adonisa, które przechowywane są w Muzeum Rockefellera w Jerozolimie.
thumb|250px|Fresk przedstawiający spotkanie Maryi z Elżbietą, sanktuarium Nawiedzenia w En Kerem thumb|250px|Fresk za głównym ołtarzem w kościele górnym sanktuarium Nawiedzenia
Tradycja chrześcijańska i okres bizantyjski Zgodnie z Biblią Maryja wybrała się z Nazaretu „i poszła z pośpiechem w góry do pewnego miasta w pokoleniu Judy” (Łk 1,39), gdzie odwiedziła swoich krewnych Zachariasza, kapłana jerozolimskiego i Elżbietę. Oboje byli w podeszłym wieku, a jednak spodziewali się dziecka. To w En Kerem miały być wypowiedziane kantyki nowotestamentalne: Magnificat i Benedictus.