Klary są autorstwa Domenico Costantino z Palermo. W 1885, prowadząc prace związane z przebudową fasady, natrafiono na pozostałości kaplic z V-VI w. z mozaikami. Na jednej z nich widnieje napis: „Bądźcie pozdrowieni, męczennicy Boży”. Męczennicy ci identyfikowani są bądź ze świętymi Młodziankami lub też ze św. Janem Chrzcicielem i św. Zachariaszem, który według tradycji miał umrzeć śmiercią męczeńską. W VII w. mnich Epifaniusz wspominał o miejscu pochówku Młodzianków w grotach na zachód od JerozolimyW Ojczyźnie Chrystusa. ss. 153-154..
Wykopaliska na terenie sanktuarium przeprowadził w latach 1941–1942 franciszkanin Sylvester Saller. Wyniki swoich badań opublikował w książce Discoveries at St. John’s ‘Ein Karim 1941–1942, wydanej w Jerozolimie w 1946. Zwiedzającym sanktuarium pokazywane są: grota Narodzenia św. Jana Chrzciciela kościół z XI-XII w. kaplica Męczenników z greckim napisem na mozaice i grobami (V w.) tablice w kilkudziesięciu językach z tekstem Benedictus;