Świątynię wybudowano według projektu włoskiego architekta Antoniego Barluzziego w latach 1939–1940. W górnym kościele przedstawiono na freskach: Najświętszą Maryję Pannę – Matkę Kościoła i Królową Ziemi Świętej, Bogurodzicę – dogmat Bożego Macierzyństwa ogłoszony podczas Soboru w Efezie w 431, Maryję ucieczkę grzesznych – opieka Maryi nad Kościołem, Pośredniczkę łask – wstawiennicza rola Maryi na godach w Kanie Galilejskiej, Wspomożycielkę wiernych – Bitwa pod Lepanto w 1571, Niepokalane Poczęcie – Jan Duns Szkot i dysputa na temat poczęcia Maryi. W dolnym kościele freski autorstwa A. Della Torre przedstawiają: Kapłaństwo Zachariasza, Ucieczkę św. Elżbiety, Spotkanie Maryi z Elżbietą.
Na cmentarzu przy klasztorze franciszkanów znajdują się polskie groby.
Pustynia św. Jana Trzeci klasztor franciszkanów w En Kerem, a zarazem kolejne sanktuarium związane z osobą św. Jana Chrzciciela, oddalone jest o 5 km od centrum dzielnicy. W miejscu tym według tradycji miał przebywać na pustkowiu Jan Chrzciciel przed rozpoczęciem swojej publicznej działalności. Kustodia Ziemi Świętej kupiła teren sanktuarium od Patriarchatu Łacińskiego w Jerozolimie w 1923. Wybudowano dom pielgrzyma nad naturalną grotą, która miała być schronieniem Prekursora Chrystusa.