Ostatecznie nie przystąpiono do wyburzania fortyfikacji, a jedynie zaprzestano dalszej rozbudowy.
Latem 1939 roku prawobrzeżne forty przygotowano do odparcia spodziewanego ataku wojsk niemieckich – wykopano rowy strzeleckie, ustawiono przeszkody przeciwpiechotne oraz wybudowano niewielkich 12 żelbetowych schronów bojowych.
Umocnienia twierdzy były aktywnie wykorzystywane podczas walk dwa razy: Podczas walk obronnych w 1920 roku przeciwko idącym na Warszawę wojskom sowieckim. Twierdza skutecznie broniła przejścia od 28 lipca do 1 sierpnia 1920 roku i mogła się bronić nadal, jednak przegrana oddziałów ochotniczych pod Miastkowem i Nowogrodem zagroziła okrążeniem Łomży. Broniący opuścili umocnienia 2 sierpnia 1920 roku i wycofali się w kierunku Różana. Kilkudniowe powstrzymywanie wojsk sowieckich w tym rejonie pozwoliło wojskom polskim przygotować się do kontruderzenia pod Radzyminem. Podczas kampanii wrześniowej umocnienia broniły Łomży przed atakującymi od strony Prus Wschodnich oddziałami niemieckimi. Obrona trwała od 7 do 10 września 1939. Zakończyła się wycofaniem oddziałów po kontrowersyjnym rozkazie dowódcy 18 Dywizji Piechoty, który zarządził odwrót.