Jego żoną była Marianna Grudzińska herbu Grzymała (zm. 1727), córka Mikołaja Wiktoryna Grudzińskiego (1635-1704). Ślub odbył się w 1716 roku. Żona wniosła Jakubowi Duninowi jako uposażenie dobra szymanowskie, które obejmowały folwarki: Szymanów, Skrzelew, Gaj, Piasecznicę, Duninopol, Oryszew, Drzewicz, Miedniewice i Nową Wieś; osadę pasieczną Brzezina; wsie pańszczyźniane: Szymanów, Gaj, Wólkę Piasecką, Topołową, Duninopol, Oryszew, Drzewicz, Miedniewice oraz Nową Wieś. Linia Jakuba Dunina przyjęła z tego względu przydomek Dunin-Szymanowski.Drugą żoną Jakuba Dunina była Helena z Potockich (córka Jerzego Potockiego, a wnuczki poety Wacława Potockiego), która po śmierci męża wyszła jeszcze raz za mąż za wojewodę inflanckiego Antoniego Andrzeja Morsztyna (syna poety Stanisława Morsztyna).
W 1719 posiadał majątek DobrowlanySłownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich.- Tom II.- Warszawa, 1881. - s.202. w powiecie święciańskim na Wileńszczyźnie.
Dziećmi Jakuba Dunina byli: Aleksy Dunin (zm.