Po 13 grudnia 1981 nie podpisał tzw. „deklaracji lojalności”Agata Puścikowska, Wspomnienie. Bogusław Niziński nie żyje, Gość Niedzielny, Nr 21, 25-05-2025, str. 11. (pol) i został zmuszony do odejścia z ministerstwa, przeniesiony do Wydziału Karno-Rewizyjnego Sądu Wojewódzkiego w Warszawie. W 1985 zrzekł się stanowiska sędziego i przeszedł do pracy w prywatnej firmie „Unikum” na stanowisko radcy prawnego. Po 1989 krótkotrwale pełnił urząd Pełnomocnika Ministra Sprawiedliwości ds. Reformy Wymiaru Sprawiedliwości. Od lipca 1990 był sędzią Sądu Najwyższego, zasiadał w Izbie Karnej (przewodniczący Wydziału II). Przeszedł w stan spoczynku w 1998.
16 października 1998 został powołany na nowo utworzone stanowisko ds. lustracji Rzecznika Interesu Publicznego. Nominacji dokonał Pierwszy Prezes Sądu Najwyższego Adam Strzembosz w ostatnim dniu swojego urzędowania. Funkcję Rzecznika Interesu Publicznego objął 1 stycznia 1999 i pełnił ją przez 6-letnią kadencję do 31 grudnia 2004 (został zastąpiony przez Włodzimierza Olszewskiego).