Z pomocą metropolity arcybiskupa warszawskiego bulla papieska nie została ogłoszona, wobec czego stolica diecezji pozostała w Sejnach.
Diecezję włączono do metropolii warszawskiej. Terytorialnie objęła ona obszar ówczesnego województwa augustowskiego. W 1818 do diecezji należało 119 parafii i 1 filia, podzielonych na 11 dekanatów. 8 dekanatów należało wcześniej do zlikwidowanej diecezji wigierskiej, a 3 (Łomża, Wąsosz i Wizna) przyłączono z diecezji płockiej. Do 1875 do diecezji należało też 8 parafii greckokatolickich. W jej północnej części mieszkała ludność litewska. Po powstaniu styczniowym rząd rosyjski zmierzał do likwidacji diecezji. Ówczesny biskup Konstanty Ireneusz Łubieński został deportowany w 1869 do Rosji, gdzie zmarł. Plany te nie zostały zrealizowane, tym niemniej utrudnienia ze strony władz zaborczych powodowały, że sieć parafii wzrastała bardzo powoli, a sprzeciwy wobec nominacji biskupich sprawiły, że przez długie okresy diecezją zarządzali wikariusze kapitulni. Rzadko, tylko cztery razy, obsadzane było stanowisko sufragana.