Od grudnia 1939 w konspiracji w ramach Służby Zwycięstwu Polski oraz Związku Walki Zbrojnej w Warszawie. Początkowo dowodził III batalionem „Narew” odtwarzanego 7 pułku piechoty Legionów AK. Po aresztowaniu dowódcy pułku kpt. Kazimierza Langa (pseudonim „Grzyb”) w lutym 1942, został powołany na dowódcę 7 pułku piechoty AK (kryptonimy „Madagaskar” – „Garłuch” – „Gromada”) oraz komendantem VIII Samodzielnego Rejonu Okęcie (posiadającego prawa obwodu Okręgu Warszawa AK). 11 listopada 1943 awansowany do stopnia majora służby stałej. mały|Grób Stanisława Babiarza na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach W czasie powstania warszawskiego dowodził VIII Samodzielnym Rejonem Okęcie i 7 pułkiem „Garłuch”, początkowo pod pseudonimem „Gerwazy”, a od 9.VIII.1944 ponownie „Wysocki”. Wskutek rażącej dysproporcji oddziałów i uzbrojenia pomimo sprzeciwu dowódcy okręgu, o godz. 16.00 odwołał przewidywany atak na lotnisko Okęcie. Rozkaz ten nie dotarł do wszystkich oddziałów. Oddziały pułku zostały rozbite, zaś mjr Babiarz przeniósł 2 sierpnia miejsce postoju do Ursusa. Po upadku powstania uciekł z obozu przejściowego i ukrywał się w Ursusie i Piastowie. Od 1945 mieszkał w Buku k. Poznania, gdzie w 1947 zmarł na gruźlicę.