W 1603 r. Joachim Fryderyk przejął po Jerzym Fryderyku von Ansbach regencję nad chorym umysłowo księciem pruskim Albrechtem Fryderykiem, dziedziczne księstwo karniowskie i jako ziemie zastawne ziemię bytomską i bogumińską. Osobiście na Śląsk nie przybył, wysyłając w zastępstwie posłów. Nowi poddani nie chcieli słuchać elektorskich wysłanników. Katoliccy Habsburgowie, jako panowie zwierzchni Śląska, woleli się pozbyć protestanckich Hohenzollernów. Starania elektora o nadanie ziemi bytomskiej i bogumińskiej w dziedziczne władanie nie powiodły się. Prawdopodobnie dlatego w 1606 r. przekazał Bytom, Bogumin i Karniów młodszemu synowi Janowi Jerzemu.
11 maja 1605 Zygmunt III Waza przekazał mu kuratelę nad chorym umysłowo księciem Prus Albrechtem Fryderykiem Hohenzollernem, który był jego teściem.
Życie prywatne Joachim Fryderyk był dwukrotnie żonaty, ze swymi kuzynkami z bocznych linii Hohenzollernów. Pierwszą żona została Katarzyna (1549–1602), córka księcia Brandenburgii-Kostrzyna Jana Hohenzollerna i księżniczki z Brunszwiku-Lüneburga Katarzyny. Ślub odbył się 8 stycznia 1570 roku.