W 1611 r. zmienił wyznanie z luterańskiego na kalwińskie. W 1616 r. został wielkim mistrzem protestanckiej (luterańskiej) gałęzi joannitów, znanej później pod nazwą Baliwatu Brandenburskiego,
Cesarz i król Czech Rudolf II Habsburg wniósł sprawę do sądu domagając się zwrotu ziemi bytomskiej i bogumińskiej, nadanych Hohenzollernom tylko tytułem zastawu. Wydany werdykt nakazywał zwrot ziemi Habsburgom, ale za wypłatą tzw. grosza zastawnego.
Po wybuchu wojny trzydziestoletniej został wybrany dowódcą wojsk protestantów śląskich, walczących z katolickim cesarzem Ferdynandem II Habsburgiem. Po klęsce powstańców czeskich na Białej Górze został w 1621 r. skazany na banicję i konfiskatę dóbr. Księstwo karniowskie otrzymał rok później książę Karol von Liechtenstein. Ziemię bytomską i bogumińską otrzymał Łazarz I Henckel von Donnersmarck.
Zmarł 2 marca 1624 r. w Lewoczy (skąd pochodziła rodzina Henckel von Donnersmarcków). Został pochowany w Koszycach.
Rodzina Jan Jerzy ożenił się 3 czerwca 1610 r. w Karniowie z Ewą Krystyną Wirtemberską (ur. 6 maja 1590;