Obok jednej wyrzutni, kompletny system Mk 41 VLS zawiera dwie jednostki kontroli startu (Launch Control Units), panel zdalnego odpalenia (Remote Launch Enable Panel) ośmiokomorowe moduły systemowe struktury wyrzutni (8-Cell Module oraz 8-Cell System Module) a także panel statusu systemu (Status Panel). Jednostka kontroli startu otrzymuje polecenie startu z wielofunkcyjnego komputera pokładowego okrętu (Multi-Function Computer Plant - MFCP), w sposób zautomatyzowany wybiera właściwy dla danego rodzaju zadania pocisk oraz przekazuje do pocisku polecenia zarządzające startem. thumb|Start pocisku SM-3 Block IA z wyrzutni. Widoczne są odprowadzane w górę gazy wylotowe. W trakcie normalnej działalności operacyjnej okrętu, każdy moduł kontroli startu zarządza połową (czterema) komór wyrzutni, jednakże w razie potrzeby - w każdej chwili każda zarządzana przez MFCP jednostka kontroli startu może przejąć kontrolę nad całością wyrzutni.
W trakcie startu pocisku z umieszczonego w komorze kanistra jego odrzutowe gazy wylotowe odprowadzane są system obwodnic