Split wydano w 2003 roku.
W 1998 roku współpracował z brazylijską formacją Sepultura, a w 2003 z Ozzym Osbourne’em.
W roku 2002 dołączył do zespołu EchoBrain, z którym nagrał ich debiutancki album. Z zespołu odszedł już przed wydaniem drugiego albumu.
Jason okresowo grał z grupą Voivod w latach 2002–2005, do czasu dwuletniej przerwy zespołu (spowodowanej śmiercią gitarzysty). Grał partie basowe w albumie Infini z 2009 roku, jednak nie był już członkiem zespołu.
W okresie 1996 do 2002, wciąż należąc do Metalliki, grał we własnym zespole Papa Wheelie. Zespół doczekał się studyjnych wersji utworów - wydane zostały minialbumy: Live Lycantrophy i Unipsycho. Grupa została reaktywowana w 2011 roku.
W 2006 roku muzyk wziął udział w reality show Rock Star: Supernova emitowanym na antenie stacji telewizyjnej CBS. Newsted wraz z uczestnikami audycji gitarzystą Gilby Clarkiem, perkusistą Tommym Lee, wokalistą i gitarzystą Lukasem Rossim utworzył zespół pod nazwą Rock Star Supernova. Muzyk nagrał wraz z grupą jedyny album tejże formacji – Rock Star Supernova, który trafił do sprzedaży w 2006 roku.