Dopiero w listopadzie 2000 roku rozpoczęto prace nad wydłużeniem linii i w końcu kwietnia 2001 roku otwarto linię przedłużoną z Myślęcinka o ok. 1 km, wokół jeziora, do przystanku Zacisze przy skrzyżowaniu ulic Konnej i Hippicznej. Przejazd trasy w jedną stronę trwał ok. 20 minut, z prędkością ok. 20 km/h. Dalsza rozbudowa, planowana do długości trasy 7 km i zamknięcia koła do stacji początkowej wzdłuż ulicy Hippicznej, została odłożona z przyczyn finansowych. Zniwelowano jedynie teren na odcinku ok. 500 m między stacją Zacisze a Bydgoskim Centrum Edukacji Ekologicznej.
8 września 2011 roku po północy spaliła się w pożarze lokomotywownia wraz ze znajdującymi się w niej pojazdami, w tym obiema lokomotywami. W związku z utratą taboru kolejowego ruch na linii został wstrzymany. 29 września 2011 roku właściciele spółki podjęli decyzję o jej likwidacji. Próby reaktywacji kolejki nie powiodły się wobec braku zainteresowania PKP w zainwestowanie kilkuset tysięcy złotych w jej odbudowę, również miasto nie miało funduszy na jej przejęcie i odbudowę.