oba małżeństwa były bezdzietne.

Zmarł w 1929 roku, wspomnienia o nim napisali PfeifferPfeifer RA. Paul Flechsig †. Sein Leben und sein Wirken. Schweizer Archiv für Neurologie und Psychiatrie 26, 258-264, 1930, Schröder i Friedrich Quensel. W 1974 roku w Lipsku powstał instytut badań mózgu jego imienia (Paul-Flechsig-Institut, PFI)Paul-Flechsig-Institut für Hirnforschung. Opisywany był jako pracowity uczony, ale z tendencją do bycia dogmatycznym i obcesowym. Niektórzy opisywali go jako cyklotymika. Według Vogta Flechsig miał „słabą pamięć co do cudzych odkryć” – zdarzyło się, że Vogt przedstawił mu swoje odkrycie a trzy tygodnie później Flechsig przedstawił mu to samo odkrycie jako swoje własne. Nie znosił socjalizmu i znana jest anegdota (podana przez Folke Henschena), wedle której przeprowadzając badanie mózgu zmarłego socjalisty ubolewał nad jego „nieharmonijnymi zwojami”Webb Haymaker: The Founders of Neurology. Springfield: C.C.Thomas, 1953, ss. 31–35.