Tuż przed śmiercią został szefem prac prowadzonych przy Pałacu Cesarskim finansowanym przez wietnamską Agencję Zarządzania Projektem Huế.
Dzięki jego staraniom w 1993 roku na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO trafiło Zakazane Miasto w Huế, a w 1999 roku stara część miasta Hội An oraz Mỹ Sơn. W Hội An Kwiatkowskiego uważa się za męża opatrznościowego, który uchronił zabytkowy kompleks przed likwidacją i przyczynił się do sukcesu miasta. Jemu przypisuje się główną zasługę wpisania starego miasta Hội An do rejestru zabytków światowego dziedzictwa UNESCO.
Śmierć 19 marca 1997 roku zmarł w Cesarskim Mieście na zawał serca, prawdopodobnie z przepracowania. Dwa dni później miasto Huế uroczyście pożegnało Kazimierza Kwiatkowskiego. Sarkofag z jego ciałem stanął w Zakazanym Mieście w wypełnionej po brzegi Sali Mandarynów. Muzyce żałobnej wykonanej przez orkiestrę w narodowych strojach wietnamskich towarzyszyły przemówienia pożegnalne oficjeli. Kondukt żałobny prowadzony przez szpaler policjantów na motocyklach odprowadził ciało polskiego architekta ulicami Huế do bram miasta. Jak wspomina pracujący z nim Marek Kowalczyk: „Huế pożegnało Kazimierza Kwiatkowskiego jak jednego z najgodniejszych obywateli tego królewskiego miasta. Konsul stwierdził, że ceremonia miała wyjątkowo uroczysty charakter”.