Zaliczyć do niej należy "Księgę główną apteczną z lat 1895-1898", komplet Kalendarzy Farmaceutycznych z lat 1921-1930 Franciszka Heroda, Komplet Bibliografii Lekarskiej XIX wieku Stanisława Konopki w 13 tomach, 12 tomową Encyklopedię Farmaceutyczną, woluminy Acta Poloniae Pharamaceutica i Wiadomości Farmaceutycznych.
W 2011 placówka weszła w posiadanie najstarszych zachowanych w Warszawie mebli aptecznych pochodzących z przełomu XVIII i XIX wieku. Stanowiły one wyposażenie apteki działającej na parterze nieistniejącej Kamienicy Ambroszkiewicza przy ówczesnym placu św. Aleksandra (obecnie plac Trzech Krzyży) 10. W kwietniu 1860 jej właścicielem stał się znany farmaceuta Henryk Klawe. W latach 70. XX wieku kamienicę, która przetrwała wojnę, wyburzono, a meble przeniesiono do apteki przy ul. Krakowskie Przedmieście 19. Po likwidacji także tej apteki w 2011 meble trafiły na Piwną i są obecnie eksponowane w głównej sali muzeum.
W Muzeum Farmacji można również obejrzeć wystawę stałą poświęconą ludowej farmacji japońskiej Apteczki i leki japońskich wędrownych aptekarzy, która jest darem rodziny Kashimoto.