W pierwszej połowie XV wieku (najpewniej ok. 1400 roku) siedzibę parafii nowostawskiej przeniesiono z kościoła św. Ducha do kościoła św. Mateusza. Kościół św. Ducha w Nytyskiej Wsi stał się wówczas świątynią filialną kościoła św. Mateusza. Należy wspomnieć o istnieniu w granicach Nowego Stawu jeszcze jednej świątyni. Do roku 1606 funkcjonował tutaj kościół św. Jerzego. W okresie reformacji kościół św. Mateusza zachował swój katolicki charakter. Po pożarze w 1568 roku, w którym zniszczone zostało jego wyposażenie, został odbudowany w latach 1573–1574 dzięki fundacji opata oliwskiego Kaspra Geschkau. W dokumentach wizytacyjnych z XVI wieku opaci oliwscy nazywali nowostawską świątynię „bazyliką żuławską”.
Kolejne stulecia, I wojna światowa oraz II wojna światowa nie przyczyniły się do znacznych zniszczeń obiektu. Kolegiata św. Mateusza Apostoła od 15 stycznia 2015 jest siedzibą żuławskiej kapituły kolegiackiej. Instalacja kanoników będzie miała miejsce 21 września 2015. Obecnie prowadzone są intensywne prace renowacyjne kościoła, mające na celu zachowanie historycznych walorów obiektu. mały|Widok na kolegiatę
Wygląd thumb|left|240px|Wnętrze świątyni thumb|240px|Ołtarz główny w kościele św. Mateusza thumb|240px|Barokowy ołtarz „Ecce Homo” thumb|240px|Tabernakulum