Jego dopływami w obrębie Doliny Jaworowej są (wymienione w kolejności od góry): dopływy lewe: Ryglowa Woda, Żabi Potok Jaworowy, Zielony Potok Jaworowy (Zelený potok), Świstowa Woda, Koński Potok, Suchy Potok Jaworowy, Szeroki Potok (Široký potok), Biały Potok (Biely potok), dopływy prawe: Zadnia Sobkowa Woda, Skrajna Sobkowa Woda, Sucha Woda Jaworowa, Czarny Potok Jaworowy (Čierny potok), Koperszadzki Potok (Meďodolský potok), Stefanowy Potok (Štefanka), Bujaczy Potok. Wodospady są najliczniejsze w Dolinie Czarnej Jaworowej (Czarna Siklawa w głównej części doliny, Wielka, Srebrna i Złota Sikawka w Dolinie Śnieżnej). Seria niewysokich kaskad i wodospadów istnieje na Jaworowym Potoku, w pobliżu Jaworowej Polany (Javorová poľana).
W dolinie znajduje się 6 stałych jezior.