W ostatnich latach na dużych obszarach w dolinie dochodzi do rozpadu drzewostanów świerkowych, powodem tego zjawiska jest gradacja kornika drukarza. Na obszarach objętych ochroną ścisłą martwych drzew się nie usuwa ponieważ stanowią one naturalny element lasu. Długotrwała ochrona doliny skutkuje obfitością fauny, zwłaszcza zwierzyny leśnej.
Cały obszar Doliny Jaworowej leży od 1949 r. w granicach TANAP-u i prawie w całości objęty jest ścisłą ochroną rezerwatową. Ścisłe rezerwaty przyrody, których całość lub fragment znajduje się na terenie doliny, to rezerwaty: „Javorová dolina”, „Bielovodská dolina” i „Belianske Tatry”.
Historia Prawdopodobnie już od końca XIII wieku Dolina Jaworowa należała do tzw. państwa niedzickiego. W 1589 r. kupił je Jerzy Horváth Palocsay, po czym tereny te pozostały własnością rodziny Horváthów Palocsayów do 1856 r., kiedy odziedziczyli je Salamonowie. Górna część Doliny Zadnich Koperszadów należała od 1671 r. do miasta Biała Spiska. W 1879 r. całą Dolinę Jaworową (oprócz części Zadnich Koperszadów) zakupił książę Christian Hohenlohe. Urządził on w Tatrach Jaworzyńskich wielki zwierzyniec, ogrodzony płotem, którego resztki zachowały się w niektórych miejscach do dziś. Obejmował on oprócz Doliny Jaworowej także Dolinę Białej Wody i zachodnią część Tatr Bielskich.