Przekształcenie w agencję chroniącą głowę państwa Pierwszy raz Secret Service oficjalnie zostało wykorzystane do ochrony głowy państwa w 1894. W związku z prowadzonym śledztwem wobec grupy hazardzistów z Kolorado, którzy planowali zamach na prezydenta Grovera Clevelanda, agencja przydzieliła część agentów, aby ochraniali prezydenta w Białym Domu, podróżowali z nim i zawsze jechali za jego powozem. Takie wykorzystanie agencji budziło wówczas kontrowersje i spotkało się z krytyką opozycji oraz części prasy. Cleveland uległ krytyce i zrezygnował z ochrony.
Secret Service wzmocniło ochronę prezydenta w reakcji na wydarzenia, mające miejsce w Europie między 1894 a 1900. Wiele osobistości padło w tym czasie ofiarami zamachów anarchistów, między innymi: prezydent Francji Marie François Sadi Carnot, premier Hiszpanii Antonio Cánovas del Castillo, cesarzowa Austrii Elżbieta Bawarska i król Włoch Humbert I. Niektórzy anarchiści emigrowali do Stanów Zjednoczonych, szukając schronienia, co wzmocniło czujność Secret Service. Od 1898 jednostka agencji stacjonowała w Białym Domu jako ochrona prezydenta. Po zamachu na prezydenta Williama McKinley’a w 1901, Kongres Stanów Zjednoczonych uchwalił przejęcie przez Secret Service pełnej odpowiedzialności za bezpieczeństwo głowy państwa.