Wielkie pożary w latach 1624, 1747, 1821, 1846, 1847 zniszczyły dobrobyt miasta i bogactwo świątyni. 30 kwietnia 1509 – arcybiskup Andrzej Boryszewski podnosi kościół do godności prepozytury i ustanawia pięciu mansjonarzy. W październiku 1515 roku prymas Jan Łaski konsekrował murowany kościół w stylu późnogotyckim, wzniesiony dzięki jego łasce i funduszom. W tym samym roku wyniósł świątynię do godności kolegiaty i ustanowił przy niej trzech prałatów i sześciu kanoników. Ponadto wyposażył świątynię w cenne naczynia liturgiczne, bogato zdobione szaty, sprzęty kościelne oraz księgi liturgiczne, jak: graduał, antyfonarz, psałterz itp. 1512 rok – dzięki bulli papieża Klemensa VII prepozyt łaski stał się infułatem. 17 czerwca 1533 – arcybiskup gnieźnieński Maciej Drzewicki ustanawia przy kościele ośmioosobowe kolegium wikariuszy. 1632-1669 – do istniejącej świątyni dobudowano dwie kaplice: od strony południowej i północnej. 1747 – wielki pożar zniszczył kolegiatę łaską. Ocalała płaskorzeźba Matki Bożej z Dzieciątkiem.