Decydującym wydarzeniem tego okresu wojny był wybuch zarazy w Londynie jesienią 1665 r. Na początku 1666 r. król francuski Ludwik XIV wypowiedział Anglii wojnę. W czerwcu 1666 r. doszło do jednej z najdłuższych bitew morskich w historii, tzw. bitwy czterodniowej, toczonej w dniach 11–14 czerwca w rejonie od Dunkierki po ujście Tamizy. Ta krwawa bitwa, w której sytuacja zmieniała się kilka razy, zakończyła się zwycięstwem Holendrów, aczkolwiek stracili w niej kolejnego admirała Cornelisa Evertsena.

4 sierpnia obie strony ponownie spotkały się w bitwie pod North Foreland. W walce uczestniczyło 90 okrętów. Holendrzy stracili także i tutaj kilku dowódców, m.in. admirała Johana Evertsena, a uniknęli klęski tylko dzięki doświadczeniu swojego morskiego bohatera de Ruytera. Na jakiś czas Anglicy ponownie panowali na morzu.

2 września 1666 r. w Londynie doszło do wybuchu wielkiego pożaru trwającego kilka dni. To wydarzenie w połączeniu z zarazą z poprzedniego roku, a także coraz trudniejszymi warunkami życiowymi mieszkańców, zmusiły króla Karola II do ponowienia rozmów pokojowych i handlowych. Niektóre okręty liniowe miały być przebudowane na jednostki handlowe.