Po zakończeniu wojny przebywał w alianckich obozach jenieckich. W grudniu 1948 został skazany przez sąd w Bielefeld na 2 i pół roku więzienia za udział w SS jako organizacji przestępczej. Na poczet kary zaliczono mu jednak pobyt w niewoli alianckiej i Rakersa zwolniono od jej odbywania. Aresztowano go ponownie 24 lipca 1950 pod zarzutami zbrodni popełnionych w Esterwegen, Sachsenhausen, Auschwitz i Buchenwaldzie. Sąd w Osnabrück skazał Rakersa 10 lutego 1953 na dożywocie i dodatkowe 15 lat pozbawienia wolności między innymi za znęcanie się nad więźniami (nieraz ze skutkiem śmiertelnym), dokonywanie selekcji i przeprowadzanie egzekucji przez powieszenie.
Kolejny jego proces odbył się również przed sądem w Osnabrück w 1958, a Rakersowi postawiono zarzut zakatowania na śmierć francuskiego więźnia w Monowicach w 1944. Postępowanie zostało jednak zawieszone. Wreszcie trzeci proces Rakersa w Osnabrück odbył się w 1959. Za rozstrzeliwanie więźniów podczas ewakuacji Auschwitz skazany został on na kolejne 15 lat pozbawienia wolności. Karę odbywał w więzieniu w Celle.