W ostatnich dniach wojny, w marcu 1945, w wyniku okrążenia Gdańska i ofensywy Armii Czerwonej z zachodu, Niemcy opuścili stanowiska obronne w lasach otaczających Gdańsk od zachodu. Następnie natarcie ruszyło również z północy. Niemieccy obrońcy utworzyli kolejną linię obrony na nasypie, po którym kursowały pociągi nieukończonej linii Gdańsk Wrzeszcz – Berlin (linia kolejowa Gdańsk Wrzeszcz – Stara Piła). W celu uszczelnienia linii oporu zabarykadowali przejazdy drogowe pod wiaduktami w obrębie Gdańska. Niemcy wtoczyli na wiadukty ciężki tabor (lokomotywy), a następnie zdetonowali ładunki. Przyczółki oraz pozostałości nasypu były widoczne do 2013, kiedy to rozpoczęto budowę Pomorskiej Kolei Metropolitalnej, w związku z czym wyburzono wiadukty i przyczółki dawnej Kolei Kaszubskiej.
1945–1969 W 1945 Gdańsk został przyłączony do Polski, jednakże główna linia kolejowa była mocno uszkodzona. Z tego względu większość przewozów towarów do portu odbywała się przez Kościerzynę, a nie przez Tczew i Gdańsk. Wycofująca się armia niemiecka zniszczyła mosty i wiadukty Gdańskiej Kolei Dojazdowej, która dowoziła mieszkańców Żuław i Olszynki do ścisłego centrum Gdańska. Dodatkowo całe zaplecze techniczne oraz tabor zostały albo wywiezione, albo zatopione po wysadzeniu wałów.