W XX wieku w kraju zaczęła zdobywać przewagę Partia Narodowa, czego efektem stała się dyktatura Tiburcua Cariasa Andino, który przejął władzę w 1933 roku jako prezydent kraju. W latach 50. XX wieku kraj stał się widownią walk politycznych pomiędzy partiami: Narodową i Liberalną. W 1954 roku były prezydent podjął próbę przejęcia władzy, lecz była ona nieudana. W 1963 roku władzę w kraju przejął generał Oswaldo Lopez Arellano czego efektem była stagnacja gospodarcza kraju. W 1969 roku wybuchła tak zwana "wojna futbolowa" z Salwadorem po przegranym meczu reprezentacji Hondurasu w piłce nożnej. Główną przyczyną wojny był narastający nacjonalizm i walka o ziemie pomiędzy mieszkańcami obydwu państw.
Wojna ta została zakończona po interwencji Organizacji Państw Amerykańskich. W 1980 roku zawarto pokój pomiędzy walczącymi stronami konfliktu i powstał pierwszy cywilny rząd, zaś prezydentem został Roberto Suazo Cordova z Partii Liberalnej. Koła wojskowe jednak zachowały wpływ w polityce kraju. Od 1983 roku na terenie kraju stacjonowały oddziały contras walczące z lewicującym rządem Nikaragui. W proteście przeciwko wojskowym rządom, proamerykańskiej polityce i rosnącym wpływom byłych funkcjonariuszy reżimu Nikaragui pod koniec lat 80. utworzona została partyzancka grupa Front Wyzwolenia Hondurasu im. Morazana.