Kryptoliza najczęściej jest wykonywana w znieczuleniu miejscowym (powierzchowne znieczulenie błony śluzowej gardła w połączeniu z iniekcją środka znieczulającego do niszy migdałkowej oraz łuków podniebienno-językowych i podniebienno-gardłowych). Zabieg ten polega na szerokim otwarciu dużych krypt migdałkowych lub zamknięciu drobnych krypt po poprzednim wypłukaniu czopów migdałkowych. Zabieg jest dobrze tolerowany przez pacjentów, ma niski poziom powikłań (0,5–3%) i wysoki poziom skuteczności po pierwszej procedurze (80–85%) i po powtórzeniu zabiegu (95%). Tylko w 3–5% przypadków wymagane jest całkowite usunięcie migdałków podniebiennych z powodu niepowodzenia zabiegu i utrzymywania się dolegliwości. Należy podkreślić, że nie jest to metoda leczenia przewlekłego zapalenia migdałków podniebiennych, a jedynie zabieg zmierzający do zapobiegania powstania kamieni migdałkowych.
Najbardziej skutecznym sposobem na stałe pozbycie się nawracających kamieni migdałkowych jest zabieg wycięcia migdałków podniebiennych (tonsillektomia).