Po odbudowie murów budowli i przygotowaniu stalowej konstrukcji pod nowy dach, brak środków wymusił przerwanie dalszych prac. Niedokończony budynek przekazany został kurii biskupiej w Olsztynie, a jej przełożony biskup Edmund Piszcz wystąpił do krakowskiej prowincji braci mniejszych pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, z propozycja przejęcia przez nich pieczy nad kadyńskim klasztorem. Wobec negatywnej odpowiedzi, biskup Piszcz zwrócił się następnie do księży salezjan, których parafia w Tolkmicku obejmuje swoim zasięgiem tereny klasztoru. Także oni odmówili przejęcia zabudowań.
Kiedy powstała Prowincja św. Franciszka, biskup zwrócił się do jej zarządu o objęcie opieką kadyńskiego zabytku. Zgoda jej władz zapoczątkowała nowy okres w dziejach klasztoru.
Kościół mały|Współczesne wnętrze odbudowanego częściowo kościoła Pierwsza kaplica w miejscu powstania przyszłego kościoła, była drewniana. Nawet mały pożar mógł doprowadzić do jej całkowitego zniszczenia, dlatego zakonnicy starali się o postawienie budynków murowanych. Kamień węgielny pod budowę świątyni poświęcił sufragan warmiński Jan Franciszek Kurdwanowski. Budowę kościoła rozpoczęto w 1716 roku i trwała aż do 1727 roku, kiedy ukończono prezbiterium i zakrystię. Nawę główną i wieżyczkę skończono budować dopiero w 1739 roku.