Późnomanierystyczny ołtarz główny z lat 30. XVII w., a w nim obraz „Adoracja Trójcy Świętej i Matki Boskiej”, namalowany przez weneckiego malarza Tomasza Dolabellę. W ołtarzu znajduje się także obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, współczesny ołtarzowi, namalowany według ryciny rzymskiego rytownika Antonia Caranzani. Inny obraz to Adoracja Najświętszego Sakramentu przez przedstawicieli duchowieństwa i stanów świeckich, namalowany według grafiki rytownika antwerpskiego Antoniego Wierixa.
W lewej ścianie prezbiterium: płyta nagrobna biskupa Stanisława Tarły. Na marmurowej płycie jest herb „Topór” oraz insygnia biskupie wraz z napisem: „A.D. 1544 die 14 Decembris”
Nagrobek z prawej strony ołtarza: Jana Skotnickiego (pierwowzór Rejenta Milczka z „Zemsty” A. Fredry) i jego żony Zofii Skotnickiej z Ligęzów (córka Mikołaja Ligęzy starosty bieckiego – kasztelana wiślickiego), uznany za wybitne dzieło wczesnobarokowej sztuki sepulkralnej, wykonany ok. 1621Łoziński Jerzy Z.: Pomniki sztuki w Polsce. Tom I. Małopolska, Wydawnictwo „Arkady”, Warszawa 1985, , s. 418. z czarnego marmuru przez włoskich artystów pracujących dla Zygmunta III Wazy.