W nawach późnogotyckie sklepienia z XVI w., w głównej - gwiaździste, w bocznych - krzyżowo-żebrowe. W prezbiterium sklepienie kolebkowe z lunetami z lat 1899-1904, powstałe podczas gruntownej restauracji po pożarze z roku 1872. W kaplicy Przemienienia Pańskiego gotyckie sklepienie krzyżowo-żebrowe z I. połowy XV w. Wejście z prezbiterium do zakrystii obramione kamiennym, późnogotyckim portalem z przełomu XV i XVI w.
Wyposażenie kościoła pochodzi głównie z czasów nowszych. W prezbiterium figuralna polichromia z 1885 r., wykonana przez Jana Tabińskiego, a odnowiona w latach 1968-1971 przez Mieczysława Świerczewskiego. Godne uwagi cenne nagrobki (p. niżej). W ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Boskiej Murkowej, koronowany w 2010 przez ks. kard. Stanisława Dziwisza oraz ks. abpa Józefa Michalika.
Nagrobki W kościele Franciszkanów znajdują się cztery nagrobki – dzieła sztuki rzeźbiarskiej mistrzów polskich i włoskich z okresu renesansu i baroku, przedstawiające w realistycznej formie zmarłe postacie: left|180px|thumb|Nagrobek Jana i Elżbiety Jędrzejowskich Nagrobek Barbary z Kamienieckich Mniszchowej (zm. ok. 1569) – starościny sokalskiej i łukowskiej. Wykonany przez Jakuba Trwałego – lwowianina.