Sklepienie wykonano 1809 roku, ponieważ w tym czasie władze austriackie niemal podjęły decyzję o kasacie krośnieńskiego zakonu kapucynów, jak np. w pobliskim Bliznem w 1785 roku. Przystąpiono do prac wewnątrz kościoła i tworzenia iluzjonistycznych polichromii, które do tej pory stanowią wielką jego atrakcję. Organizatorem całego przedsięwzięcia był stale walczący o prawa kapucynów brat arch. inż. Innocenty Barth. W 1811 roku ukończono budowę, a 14 września 1811 roku odbyła się konsekracja świątyni, której dokonał bp Antoni Gołaszewski. W 1853 roku ukończono budowę klasztoru.
W 1879 roku w prezbiterium ustawiono ołtarz główny wykonany przez Stanisława Janika i Romualda Łapczyńskiego z rokokowym wizerunkiem Ukrzyżowanego, a w latach 1896–1899 ołtarze boczne. W 1916 roku zbudowano nowe organy.
3 października 1953 roku poświęcono kaplicę z figurą Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej, którą zbudował o. Stanisław Parysz. 19 lutego 1961 roku w tej kaplicy wprowadzono całodzienną adorację Najświętszego SakramentuHistoria klasztoru.