Po procesie przekształcenia Wydziału nastąpiły wybory nowych władz Wydziału i Instytutu. Na Wydziale Zarządzania i Administracji stanowisko prodziekana objął dr hab. Stanisław Pikulski, któremu na początku 2000 roku rektor powierzył funkcję pełnomocnika ds. powołania Wydziału Prawa i Administracji. 6 czerwca 2001 roku Instytutu Prawa i Administracji po podjęciu uchwały o zaprzestaniu funkcjonowania struktur Instytutu w ramach Wydziału Zarządzania i Administracji podjęto wdrożenie procedur prowadzących do przekształcenia tej jednostki w Wydział Prawa i Administracji. Następnie Senat UWM uchwałą z 10 lipca 2001 roku utworzył Wydział Prawa i Administracji, która zaczęła obowiązywać z dniem 1 września 2001 roku.
Od 2008 r. Wydział posiada prawa akademickie do nadawania stopnia naukowego doktora w dziedzinie nauk prawnych w dyscyplinie prawo. 1 października 2010 r. na Wydziale uruchomiony został kierunek Bezpieczeństwo wewnętrzne. Natomiast w 2015 r. Wydział otrzymał uprawnienia habilitacyjne w dziedzinie nauk prawnych. 3 października 2016 r. został uruchomiony kierunek administracja i cyfryzacja, którego program studiów w 2017 roku otrzymał dwa wyróżnienia w zakresie innowacyjności.