Za swoją postawę w klubie oraz na szczeblu reprezentacyjnym został wybrany Piłkarzem Roku w Chile w 2007 roku.
17 lipca 2008 roku kierownictwo angielskiego klubu Blackburn Rovers potwierdziło transfer Villanuevy, który został wypożyczony z opcją pierwokupu za 4 miliony funtów. 29 lipca Chilijczyk dołączył do drużyny Rovers po tym, jak otrzymał pozwolenie na pracę w Wielkiej Brytanii. W nowej drużynie zadebiutował 27 sierpnia w wygranym 4:1 spotkaniu Pucharu Ligi z Grimsby. W tym meczu zdobył także pierwszego gola dla Blackburn Rovers. W Premier League pierwszy występ zaliczył 20 września, kiedy to zagrał w meczu z Fulhamem. Od maja 2009 roku piłkarz Al-Shabab ze Zjednoczonych Emiratów Arabskich.
12 listopada 2024 roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2003 Deportes La Serena
Primera División 15 5 2004 Audax Italiano
Primera División 11 0 2005 Audax Italiano
Primera División 32 3 2006 Audax Italiano
Primera División 28 17 2007 Audax Italiano
Primera División 37 24 2008 Audax Italiano
Primera División 17 5 2008/09 Blackburn Rovers
Premiership 12 0 2009/10 Al-Shabab
UAE League