We wrześniu 1999 został wydalony z partii PAIGC"GUINEA-BISSAU: PAIGC chooses new chairman, expels Vieira", IRIN, 10 września 1999..
W lutym 2000, razem z czterema byłymi ministrami, został aresztowany i oskarżony o wydanie obligacji państwowych bez zgody parlamentu trzy lata wcześniej"High-level arrests in Guinea Bissau", BBC News, 29 lutego 2000.. Został zwolniony za kaucją, a w czerwcu 2003 sąd oczyścił go z wszystkich zarzutów. W lutym 2003 został aresztowany pod zarzutem egzekucji 4 osób w czasie nieudanego zamachu w 1986, jednak po czterech dniach został uwolniony.
Działalność od 2008 5 sierpnia 2008 prezydent João Bernardo Vieira rozwiązał parlament, z powodu upadku koalicji rządowej. Z koalicji trzech partii rządzących, miesiąc wcześniej wycofała się partia PAIGC, mająca najwięcej miejsc w parlamencie. Rozwiązanie parlamentu spowodowało natychmiastową dymisję dotychczasowego rządu premiera Ndafy Kabiego. Tego samego dnia prezydent Vieira nowym szefem rządu mianował Carlosa Correię, który miał zajmować to stanowisko do czasu wyborów parlamentarnych w listopadzie 2008.