Pod koniec listopada 2011 prezydent Sanha raz jeszcze został przewieziony do szpitala w Dakarze. Natomiast na początku grudnia 2011 został umieszczony na oddziale intensywnej terapii w szpitalu Val-de-Grâce w Paryżu. W mediach pojawiły się wówczas informacje o jego „poważnej chorobie”, w tym wprowadzeniu go w stan śpiączki farmakologicznej.
26 grudnia 2011, w czasie nieobecności prezydenta w kraju, w Bissau doszło do próby zamachu stanu, kiedy część wojsk pod dowództwem kontradmirała Jose Americo Bubo Na Tchuto wszczęła bunt i wyszła na ulice stolicy, zmuszając premiera Carlosa Gomesa Júniora do szukania schronienia w ambasadzie Angoli. W wyniku walk w mieście zginął jeden żołnierz, a ponad 30 zostało aresztowanych, w tym kontradmirał Na Tchuto. Nie była to jedyna próba zamachu stanu w Gwinei Bissau w czasie prezydentury Sanhy. 1 kwietnia 2010 generał Antonio Indjai przejął na kontrolę nad dowództwem armii i na krótko uwięził szefa sztabu generalnego oraz premiera Gomesa Júniora. Jednak na skutek protestów społecznych i braku poparcia w szeregach wojska, ostatecznie zaprzestał buntu.