Organizacja ekspozycji Ekspozycja została tak pomyślana, aby na poszczególnych piętrach pokazać bursztyn w różnych aspektach. Można tu poznać historię bursztynu, historię rzemiosła bursztynowego i bursztynowych szlaków handlowych, tradycje bursztynu w lecznictwie, użycie go jako kamienia magicznego, materiału badawczego i tworzywa artystycznego. Tradycyjnym metodom prezentacji towarzyszą multimedialne w specjalnie do tego celu przeznaczonych wnękach w każdej sali ekspozycyjnej. Muzeum posiada trzy działy: przyrodniczy, sztuki dawnej i sztuki współczesnej.
Od przeprowadzki w 2021 muzeum dysponuje znacznie większą powierzchnią wystawienniczą (1000 m kw.) niż w dotychczasowej siedzibie w Katowni. Sale wystawowe podzielono na dwie części: przyrodniczą (I piętro), poświęconą m.in. historii kruszcu, jego wydobyciu, produkcji i właściwościom, a także inkluzjom; i artystyczną (II piętro), w której prezentuje się wykorzystanie bursztynu w różnych epokach historycznych, w tym jego współczesne zastosowanie w sztuce. Ponadto w Wielkim Młynie znalazły miejsce sale edukacyjne, miejsce spotkań i największy w Polsce północnej sklep muzealny m.in. z wyrobami bursztynowymi.