Wkrótce potem wnętrza budowli zostały zdewastowane przez wschodnioniemiecką służbę graniczną, co stało się pretekstem do jego zamknięcia.

Nieużywana świątynia niszczała. Szkody powstałe w wyniku działań atmosferycznych nie były naprawiane. W latach 80. XX wieku mieszkańcy Berlina Zachodniego pod przywództwem ówczesnego burmistrza Richarda von Weizsäckera wystąpili z inicjatywą remontu budowli. Po długich negocjacjach z rządem NRD, otrzymano w końcu zezwolenie na przeprowadzenie prac i kościół został odnowiony z zewnątrz (1984–85). Jednakże środki pieniężne przekazane przez fundację Tagesspiegel oraz przez senat Berlina Zachodniego nie dotarły do poczdamskich wykonawców.

Ponownie msze zaczęto odprawiać po upadku muru – pierwsze nabożeństwo miało miejsce w wigilię w 1989 roku. Wnętrza kościoła odnowiono w latach 1993–1995 na podstawie zachowanych szkiców i czarno-białych fotografii. Z uwagi na brak przedstawień oryginałów, nie wszystkie detale zostały wiernie odtworzone, np. konsole, na których stoją figury apostołów (ich pierwotnej kolejności również nie można było ustalić).

Park Lennégo został doszczętnie zniszczony – urządzono tu garaże, pomieszczenia dla psów granicznych oraz ścieżkę dla treningu psów celnych.