Kilka tygodni przed zamachem Mohammed Atta latał kilkakrotnie samolotami pasażerskimi jako pasażer i dokładnie obserwował zachowanie ich załóg. Na podstawie swoich spostrzeżeń doszedł do wniosku, że wszyscy porywacze powinni siedzieć w odpowiednich miejscach – dwóch z przodu aby wtargnąć do kokpitu, a dwóch z tyłu aby sterroryzować pasażerów i załogę, zepchnąć ich na tył samolotu i pilnować. Wtedy pilot może przejąć stery i skierować samolot na cel. Atta ustalił też, że atak w samolocie powinien nastąpić już na początku lotu (w pierwszych 20 minutach rejsu), gdy stewardesy zanoszą śniadanie pilotom. Wówczas drzwi kokpitu są otwarte. Mohammed Atta przekazał wszystkie swoje wnioski trzem innym zamachowcom, którzy mieli pilotować trzy pozostałe porwane samoloty: Marwanowi Al-Shehhi, Haniemu Hanjourowi i Ziadowi Jarrahowi.
Wejście na pokład Mohammed Atta – przywódca zamachowców – przybył wraz z Abdulazizem Al-Omarim z Portland w stanie Maine samolotem do Bostonu. Obaj mieli drogie bilety „business class” na lot 11, które Atta kupił kilka dni wcześniej przez internet, płacąc kartą Visa.