Po zajęciu miasta w pierwszej połowie września Niemcy ponownie ustanowili zniemczoną nazwę Pakosch i rozpoczęli w ramach Intelligenzaktion likwidację miejscowej inteligencji. Niemcy utworzyli w mieście podobóz pracy przymusowej obozu jenieckiego Stalag XXI D. W czasie okupacji zniszczono synagogę. Armia Czerwona zdobyła Pakość 21 stycznia 1945 roku. Niemcy podczas odwrotu wysadzili w powietrze most kolejowywoloszanski.com.
Polska Rzeczpospolita Ludowa Na początku 1945 roku Armia Czerwona przekazała Pakość pod administrację polską. Władzę objęła Miejska Rada Narodowa. W czasach PRL-u miasto dynamicznie się rozwijało, słynęło z zakładów lniarskich. Przez cały okres Polski ludowej istniała zawodowa straż pożarna zakładów lniarskich oraz OSP. Wybudowano blokowiska. Wzrosła liczba mieszkańców miasta.
Dnia 11 grudnia 1969 roku pod Pakością (we wsi Giebnia) miała miejsce katastrofa lotnicza. Rozbił się samolot bombowy Ił-28, należący do Sił Zbrojnych Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej. W katastrofie zginęło 3 członków załogi w tym kapitan por. Bonifacy Hędzlewski. Macierzystym lotniskiem samolotu był wojskowy port lotniczy w Powidzu koło Gniezna. Bombowiec był zmuszony do awaryjnego lądowania w polu z powodu pożaru, jednak zahaczył o stogi lnu i rozbił się.
W latach 70.