13 czerwca 2007 Ishiaku podpisał 4-letni kontrakt z niemieckim MSV Duisburg. MSV zapłaciło za niego milion euro. W Bundeslidze zadebiutował 12 sierpnia w wygranym 3:1 wyjazdowym spotkaniu z Borussią Dortmund, w którym zdobył dwa gole. Łącznie w całym sezonie zaliczył 10 trafień i był najlepszym strzelcem Duisburga, który spadł z ligi.
Latem 2008 roku Manasseh przeszedł za 2 miliony euro do beniaminka Bundesligi 1. FC Köln. W 2010 roku był na testach w Celtiku. W 2011 roku został wypożyczony do belgijskiego Sint-Truidense VV na pół roku.
Pod dwóch latach przerwy w 2013 roku podpisał w lipcu miesięczny kontrakt ze Sportingem Aalst.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999 Shooting Stars FC
Premier League ? ? 2000 Niger Tornadoes
National League ? ? 2000/01 KSV Roeselare
Tweede Klasse ? ? 2001/02 KSV Roeselare
Tweede Klasse ? ? 2002/03 RAA Louviéroise
Eerste Klasse 31 7 2003/04 RAA Louviéroise
Eerste Klasse 26 3 2004/05 RAA Louviéroise
Eerste Klasse 17 8 2004/05 Club Brugge
Eerste Klasse 13 1 2005/06 Club Brugge
Eerste Klasse 17 3 2006/07 Club Brugge
Eerste Klasse 22 8 2007/08 MSV Duisburg
Bundesliga 25 10 2008/09 1. FC Köln
Bundesliga 12 1 2009/10 1. FC Köln
Bundesliga 15 0 2010/11 1.