Działalność Polskie Towarzystwo Nauk Politycznych działa poprzez prezesa, zarząd główny, 20 oddziałów we wszystkich najważniejszych ośrodkach akademickich oraz 15 sekcji badawczych. PTNP corocznie przeprowadza konkursy na najlepszą pracę doktorską, najlepszą książkę oraz najlepszy artykuł naukowy z zakresu politologii. Z inicjatywy Romana Bäckera PTNP oraz Komitet Nauk Politycznych PAN zaczęły organizować Kongresy Politologiczne. Pierwszy odbył się w Warszawie w 2009 roku. W kolejnych latach kongresy odbywały się co trzy lata w Poznaniu, Krakowie i Lublinie. W 2022 roku odbył się Kongres we Wrocławiu. Od 2015 roku corocznie odbywa się w Toruniu Zimowa Szkoła Metodologiczna kierowana wspólnie przez Krzysztofa Kasianiuka przewodniczącego Sekcji Metod, Technik i Narzędzi Badawczych oraz Romana Bäckera.
PTNP współpracuje z najważniejszymi politologicznymi organizacjami międzynarodowymi. W 2016 roku PTNP było organizatorem światowego kongresu politologicznego w Poznaniu. Przedstawiciele polskiego środowiska politologicznego systematycznie są wybierani do Executive Committee światowego towarzystwa politologicznego (IPSA). PTNP jest aktywnym uczestnikiem Central European Political Science Association. PTNP ściśle współpracuje z Komitetem Nauk Politycznych PAN.